Wer, wie ich, selbst schonmal dieses Problem hatte und erfolglos gesucht hat, dem sei nahegelegt folgenden Blogeintrag von Debian Root zu lesen:
Apache2 FastCGI Scripte brechen nach 40 Sekunden ab

Ich habe die notwendigen Schritte bei mir selbst umgesetzt und alles läuft nun ohne “Premature end of script” & “mod_fcgid: read data timeout in 40 seconds”.